Prvé názory a snahy o ochranu niektorých častí územia Pienin sa začali objavovať najmä na poľskej strane už po skončení prvej svetovej vojny. Podnet k týmto snahám dal zhoršujúci sa stav prírodných pomerov v území Pienin vplyvom nekontrolovateľnej ťažby v lesoch, zakladania kameňolomov, nekontrolovanej výstavby a najmä pastvy v lesných a xerotermných spoločenstvách vápencových brál a sutí. Zvlášť negatívne sa prejavila pastva na lúkach hradného brala Czorstyn, ktoré 14. marca 1921 v záujme ich záchrany  premenil vlastník p. Drohojowski na úplnú rezerváciu. Tento počin a ďalšie antropické tlaky na prírodu Pienin dali podnet na intenzifikáciu snáh pre vytvorenie chráneného územia typu národného parku v území poľských, ale i slovenských Pienin.

Významným medzníkom, ktorý prispel k vytvoreniu chránených území v Pieninách bol 6. máj 1924, kedy hraniční zmocnenci Ing. V. Roubik (ČSR) a prof. W. Goetel (Poľsko) po dlhých a intenzívnych rokovaniach podpísali tzv. „Krakovský protokol“. V tomto protokole sa okrem vyriešenia mnohých hraničných problémov riešili aj problémy ochrany prírody v pohraničných územiach.

Protokol okrem iného odporúčal:

  • vytvoriť podmienky pre vznik chránených území na československo-poľskom pohraničí,
  • vyriešiť turistické a komunikačné problémy na území Pienin.

S týmto návrhom sa stotožnila aj konferencia oficiálnych predstaviteľov oboch štátov, ktorá sa konala v Zakopanom v septembri r. 1924. Konferencia odporúčala vytvoriť podmienky pre vznik chránených území na spoločnej slovensko-poľskej hranici v Babej hore, Tatrách, Pieninách a Čiernohorí. Po viacročných snaženiach na obidvoch stranách hranice uzreli v roku 1932 svetlo sveta tieto právne akty:

  • Nariadenie ministra roľníctva v Poľsku zo dňa 23. mája 1932, ktorým sa s účinnosťou od 1. júna 1932 zriaďuje „Park Narodowy w Pieninach“ o výmere 756 ha.
  • Nariadenie ministra roľníctva v Československu zo dňa 9. júla 1932, ktorým sa s účinnosťou od 12. júla 1932 zriaďuje Slovenská prírodná rezervácia v Pieninách. Rezervácia mala výmeru 423 ha.
  1. júla 1932 sa uskutočnilo slávnostné vyhlásenie Slovenskej rezervácie v Pieninách v Červenom Kláštore v historickom lipovom parku pri objekte Červeného kláštora (bývalý Chránený areál Pieninské lipy, dnešná zóna „B“) a v Szczawnici za účasti predstaviteľov Československa a Poľska. Počas oslavy v Červenom Kláštore vystúpili vedúci delegácií, predstavitelia štátnych lesov, ministerstva osvety, poslanci parlamentov a senátov, zástupcovia turistov. Vo všetkých príhovoroch bol zvýrazňovaný úspech spoločného snaženia pri vytvorení chránených území v Pieninách, ktoré predstavujú prvý medzinárodný park v Európe.

Vojnové udalosti prerušili činnosť obidvoch chránených území. Po vojne bol v Poľsku obnovený národný park 30. októbra 1954. Táto organizačná štruktúra v podstate trvá v Poľsku doposiaľ. Na Slovensku bola obnovená Slovenská prírodná rezervácia v Pieninách Nariadením povereníctva poľnohospodárstva a lesného hospodárstva zo dňa 13. 12. 1957 pod názvom Pieninská prírodná rezervácia Červený Kláštor s účinnosťou od 1. 1. 1958. Hospodársky a organizačne bola pričlenená do Správy TANAP-u v Tatranskej Lomnici. Následne nariadením Predsedníctva Slovenskej národnej rady č. 5 zo 16. januára 1967 bol vyhlásený Pieninský národný park so sídlom v Červenom Kláštore. Výmera národného parku mala 2125 ha a jeho ochranné pásmo 52 000 ha.

Pieninský národný park bol 29 rokov začlenený do organizačnej štruktúry Tatranského národného parku a až v roku 1996, jeden rok po účinnosti zákona 287/94 Z. z. o ochrane prírody a krajiny, bol postavený na úroveň ostatných národných parkov, najprv ako súčasť Správy národných parkov Slovenskej republiky so sídlom v Liptovskom Mikuláši a od roku 1. júla 2000 ako súčasť Štátnej ochrany prírody Slovenskej republiky so sídlom v Banskej Bystrici.

Nariadením vlády Slovenskej republiky č. 47. zo 14. januára 1997 sa zvýšila výmera Pieninského národného parku z pôvodných 2 125 ha na súčasných 3 749,62 ha a ochranné pásmo bolo upravené na 22 444,17 ha.

Nariadenie vymedzuje územie a hranice národného parku a jeho ochranného pásma v územnej príslušnosti Prešovského kraja v dvoch  okresoch (Kežmarok a Stará Ľubovňa), ktoré zahŕňajú katastre 7 obcí na území národného parku (Červený Kláštor – časť, Haligovce – časť, Kamienka – časť, Lechnica – časť, Lesnica, Stráňany – časť, Veľký Lipník – časť) a 20 obcí v ochrannom pásme (Červený Kláštor – časť, Havka, Jezersko, Lechnica – časť, Lysá n. Dunajcom, Majere, Malá Franková, Matiašovce, Osturňa, Reľov, Slovenská Ves – časť, Spišské Hanušovce, Spišská Stará Ves, Toporec – časť, Veľká Franková, Zálesie, Haligovce – časť, Stráňany – časť, Veľká Lesná, Veľký Lipník – časť).

Od l. júla 2000 má Správa Pieninského národného parku okrem vlastného územia národného parku a jeho ochranného pásma v územnej pôsobnosti aj voľnú krajinu v okrese Stará Ľubovňa a Kežmarok (okrem obcí Rakúsy, Mlynčeky, Stráne pod Tatrami, Stará Lesná). Celková výmera územnej pôsobnosti je 142 442 ha, počet obyvateľov 105 835 k 1. 1. 1997.

Vďaka poslaneckému návrhu a rozhodnutiu Národnej rady SR, ktorá v utorok 14. decembra 2021 schválila reformu národných parkov na Slovensku a jej súvisiace opatrenia, posúvajú Slovenskú republiku v oblasti ochrany prírody do kruhu vyspelých krajín. Ide o historický medzník, ktorým sa aj náš Pieninský národný park priblíži spravovaním územia tomu susednému, poľskému územiu a tak získa podobu, akú si zaslúži. Žiaľ tento proces trval „len“ 89 rokov.

Na základe schválenej reformy, v súlade s §65b zákona č. 543/2002 Z .z. o ochrane prírody a krajiny v znení neskorších predpisov bola 17.marca 2022 č. 12/2022-1.11.1, s účinnosťou od 31. marca 2022 rozhodnutím ministra životného prostredia Slovenskej republiky zriadená Správa Pieninského národného parku so sídlom v Spišskej Starej Vsi ako príspevková organizácia Ministerstva životného prostredia a bol vydaný štatút Správy Pieninského národného parku so sídlom v Spišskej Starej Vsi.