Geologický podklad, konfigurácia terénu a kontinentálna klíma vytvárajú vhodné podmienky pre existenciu množstva vápnomilných druhov lišajníkov. Z územia Pienin je ich doposiaľ známych 187 druhov. Rastú bezprostredne na skalnom podklade, na humuse, zvetralinách aj vápenatej pôde nahromadenej v štrbinách skál.

Posledný výskum lichenoflóry prebiehal v roku 1996 a potvrdil výskyt mnohých, najmä epipetrických druhov, ako aj cenný výskyt taxónu Parmelia flaventior, ktorý sa dovtedy považoval za nezvestný. Na druhej strane bola zaznamenaná neprítomnosť viacerých senzitívnych makrolišajníkov (Usnea faginea, U. glauca, U. hirta, Evernia mesomorpha). Na základe výsledkov tohto výskumu bola zhodnotená ekologická kontinuita miestnych lesných porastov s využitím Indexu ekologickej kontinuity. Zo 70 indikačných druhov sa zistila prítomnosť ôsmych: Arthonia radiata, Cetrelia cetrarioides, Graphis stricta, Parmelia caperata, Pertusaria pertusa, Parmelia subrudecta a Pyrenula nitida, na základe výskytu ktorých sa územie PIENAP-u zaradilo do kategórie so slabou kvalitou.

Na kolmých suchých a slnečných stenách rastú biele až žltkasté a okrové lekanóry (Lecanora), avšak farebne skôr upútajú žlté, oranžové až červené stielky krásnic (Caloplaca). Z ďalších druhov sa tu vyskytuje sivoš vápencový (Diploschistes gypsaceus), bradavnica (Verrucaria macrostoma),zriedkavejšie Acrocordia conoidea. Miesta, kde za dažďa steká voda obývajú druhy Thyrea pulvinata, Synalissa symphorea, Placynthium nigrum, Peccania coralloides a početné druhy kolém (Collema).

Pomerne veľká skupina lišajníkov rastie na humuse, zvetraline vápencových skál alebo na vápnitej pôde. Nájdeme ich v štrbinách a priehlbinách skál alebo priamo na pôde medzi štrkmi (Psora lurida, Toninia caeruleonigricans, Endocarpon pusillum, Cladonia pocillum, Toninia candida, T. tristis, catapyrenium lachneum).

Lišajníky osídľujúce machy a odumreté časti cievnatých rastlín nie sú zastúpené tak bohato, ako v okolitých vápencových oblastiach. Lišajníky rastúcej na holej zemi, machoch pri cestách a chodníkoch, na otvorenejších miestach v lese, na práchnivejúcich pňoch, nie sú veľmi hojné. Najhojnejšie sú tu zastúpené rôzne druhy dutohlávok (Cladonia).

Flóra epifytických lišajníkov v zmiešaných ihličnato-listnatých lesov nie je veľmi bohatá. Prvotnou príčinou je zatienenie, hlavne v zachovaných fragmentoch pôvodných bukovo-jedľových lesov a nízka vzdušná vlhkosť v reliktných borovicových porastoch. Napriek tomu, v bočných dolinách a v Prielome Dunajca sa vyskytujú druhy ako diskovka olivová (Cetrelia olivetorum), d. kučeravá (Parmelia caperata), d. perlová (P. perlata) a stužkovec nafúknutý (Ramalina obtusata).