Správa Pieninského národného parku patrí do organizačnej štruktúry Štátnej ochrany prírody Slovenskej republiky (ŠOP SR). V rámci nej patrí do regionálneho centra ochrany prírody v Tatranskej Štrbe. Súčasťou regionálneho centra je Správa TANAP-u a Správa PIENAP-u.

Správa PIENAP-u zamestanáva 10 pracovníkov v nasledovnej organizačnej štruktúre.